直轄以來，重慶市科委全力支持西南大學(xué)、重慶三峽農(nóng)科院等單位開展油菜良種自主創(chuàng)新，構(gòu)建油菜高效育種技術(shù)體系，先后育成雜交油菜新品種24個，其中國審7個。新品種在重慶、四川、湖北、湖南、云南、貴州等地累計推廣8100多萬畝，新增產(chǎn)值58億元。
為攻克油菜含油量與蛋白質(zhì)含量雙提升的難題，在重慶市科委農(nóng)作物良種創(chuàng)新工程持續(xù)、穩(wěn)定支持下，西南大學(xué)先后攻克了油菜高效小孢子培育技術(shù)、隱性核全不育雜交制種技術(shù)、高油酸近紅外分析技術(shù)、粒色鑒定技術(shù)和甘藍型黃籽油菜化學(xué)調(diào)控技術(shù)等系列育種關(guān)鍵技術(shù)，并以此構(gòu)建了優(yōu)質(zhì)、高產(chǎn)、高效油菜育種技術(shù)體系。獲得了粒色遺傳穩(wěn)定的甘藍型黃籽油菜材料;研究出的隱性核全不育雜交制種技術(shù)，可使油菜制種單產(chǎn)提高10-15%，純度達90%以上，比國頒標(biāo)準提高10個百分點。利用自主構(gòu)建的油菜育種技術(shù)體系，2003年選育出世界上第一個粒色遺傳穩(wěn)定的甘藍型黃籽油菜新品種“渝黃1號”，2007年選育出西南地區(qū)第一個雙低油菜新品種“渝油21”，2009年選育出西南地區(qū)第一個隱性核三系雙低油菜新品種“渝油27”;2012年“渝黃4號”被農(nóng)業(yè)部推薦為油菜主導(dǎo)品種之一。同時，創(chuàng)造出了一大批高油酸、高含油量、耐高溫、雙低高效、多抗等油菜育種新材料。
在油菜良種創(chuàng)新工程推動下，重慶市油菜產(chǎn)業(yè)效益和質(zhì)量實現(xiàn)重大提升。一是油菜種植面積穩(wěn)步增長。從1999年的227萬畝上升到2013年的323萬畝，在各省市中不降反增。二是油菜單產(chǎn)大幅度增長。大面積單產(chǎn)由直轄初76公斤/畝提高到2013年的123公斤/畝，增長了62%;最高畝產(chǎn)達到230公斤。三是油菜品質(zhì)大幅度提升。含油量從直轄初的34%提高到43%以上，芥酸含量從45%下降到1%以下，硫苷含量從130微摩爾/克下降到30微摩爾/克以下。四是良種覆蓋率大幅度提高。從直轄初的27%提高到71%，其中自育品種推廣面積達40%以上。
